El Encuentro Académico de la Facultad de Medicina se desarrollará entorno a los siguientes Ejes Temáticos, en los cuáles se visualiza el papel del personal docente, la población estudiantil y el personal administrativo que apoya la función académica de la Facultad de Medicina.

•Acción sustantiva universitaria articulada entre las unidades académicas

Este eje propiciará una visualización integral de las actividades académicas que conforman la Facultad de Medicina desde una perspectiva de las funciones sustantivas de la académica, es decir la docencia, la investigación y la acción social.

•Acción sustantiva universitaria articulada con los servicios 

En este eje se hará un análisis de los diversos proyectos o actividades sustantivas de docencia, investigación y acción social que está vinculadas con los servicios de salud por ejemplo:  iniciativas innovadoras en los campos de docencia, investigación y acción social en beneficio de los servicios de salud que se prestan a la población de costarricense.

•Docencia en el área de Salud

Propicia un análisis de cómo se hace la docencia dentro de la Facultad de Medicina, incorporando las experiencias innovadoras en el campo de la docencia que posibilite tener una visión más integral en conjunto de esas experiencias de las unidades académicas y en las cuáles tiene nexos importantes con las diversas unidades de investigación.